本校立校之精神為：

 自由：獨立思考與人格自主．學術自由之信奉

 民主：相互尊重與整體和諧．校園民主之理想

 創造：青春活水與日新盛德．知識創造之動力

 卓越：精益求精與止於至善．學術卓越之追求

本校立校之方向為：

 為國家培育高級人才

 與東部地緣與資源結合

 與國際學術潮流接軌 本校立校之使命為：

 配合高教政策，擔負國立大學責任

 運用地方資源，規劃有特色之系所

 務實科技研究，推動花東整體建設

 凝聚校園規範，培育具國際觀人才

 加強推廣教育，提供大眾社教學習

在上述的立校精神和理念下，本校具體校務發展目標包含：

 營造特色大學環境，形塑永續多元文化

 創造卓越創新研究，完備學習教學體系

 提升教師專業發展，建立教師成長系統

 重視學生生涯發展，增強學生學習縱深

 結合自然人文資源，重視東部平衡發展

 加強國際學術交流，拓展全球合作平臺